药房接收医生开具的处方或病房汇总领药单，核对后确认发药，冲减库存。医生处方的取消和病房领药单的取消也同时会产生退药传到药房，由药房确认退药。如果取药患者较多，为保证不发错药，药房系统提供为病号取药排号，即病号先到窗口取个号码牌，有条件的单位可以在窗口前放置触摸屏自助取号站，药房工作人员打印出摆药单，摆药单上同时也注明了病号所取的号码，摆药人员拿着摆药单配置药品，配完药后把药品和摆药单一起由发药人员或直接由摆药人员叫号发药，同时对此摆药单进行确认发药。发药时如果库存不足，可以在系统参数中设置是否允许负库存，如果允许，则可以继续发药，库存变成负数，如果不允许，则无法确认发药。需要在药品包装盒上注明用法用量及注意事项的可以由系统打印出药品用法标签，直接贴在药品包装盒上。系统提供发药记录的查询与发药数据的统计功能。