库存管理包括进货管理、领用管理、调拔管理、盘点管理、损益管理、现存量查询、库存量总帐与明细帐和存货总帐与明细帐。进货管理还分为进货入库、进货退货出库及入库统计；领用管理还分为领用申请、领用出库、领用退回入库和出库统计，其中还包含门诊发药与住院发药，出库时如果库存不足，可以在系统参数中设置是否允许负库存，如果允许，则可以继续出库，库存变成负数，如果不允许，则无法确认出库。调拔管理分为直接调拔、调拔申请、调拔出库和调拔入库，直接调拔是通过一张调拔单直接冲减调出仓库与调入仓库；调拔出库是由需要调入的仓库发起调拔申请，出库的仓库确认出库，只冲减出库的仓库，再由调入的仓库确认入库，更新入库仓库数量。盘点管理可以有两种方式，一种是预先打印出库存中药品的库存数，根据打印的药品进行盘点，经过盘点后录入实盘数，系统自动算差异，这种做法的好处盘点的时候有库存数可以作参考，并且输入电脑的时候比较方便，只要输入库存与实盘不一致的药品的实盘数，缺点是盘点的时候打印药品的顺序和实际存放药品的位置比较不好对应；另外一种是先按照药品的存放位置顺序盘点，盘完后再把实盘数输入电脑，这种做法的好处是在点数过程中比较方便，但是点完后需要先手工记录实盘数，最后再把每个药品输入电脑。至于采用哪种方式，看具体情况而定。盘点完后系统根据库存数与实盘数的差异自动会产生盈亏调整单，调整库存是正确的数量。库存量查询包括实际库存与可操作库存，实际库存是经过出入库与发药后剩余的库存量，可操作库存是实际库存扣减已开处方还未出库的数量的剩余数。可以直接查询出现低于库存下限的药品，库存下限可以在每个药品中自行定义。可以为每个药品统计出在整个库存管理中所有操作类型的汇总数。库存量总帐体现出整个帐目周期的期初数、本期入库数、本期出库数与本期结存数，并记录周期内帐户明细，分为月份总帐与年度总帐。存货总帐体现出整个帐目周期的期初数、金额，本期入库数、金额，本期出库数、金额与本期结存数、金额，并记录周期内帐户明细，分为月份总帐与年度总帐。