医院信息化已经开展了多年，医院对信息化的认知水平也在一步步提高。认识不到位、缺乏人才、缺少标准，是医院信息化过程中需要迫切解决的问题。时至今日，医院的管理与医院信息系统的脱节已成为中小型医院信息化发展的最大障碍。HIS不单纯是一个计算机的技术系统，首先是一个社会系统。HIS系统是一个医院管理者思想的集中体现。HIS技术的复杂性、需用资源的密集性和用户需求的多样性仅是问题的一个方面，而更重要的则涉及管理思想、管理制度、管理方法、权力结构和人们习惯的变化。
现在中小型医院的HIS还只是对医院现有的手工业务流程的计算机模拟，其结果只能在一定层面上提高效率，而且使原有的手工管理中不合理的地方显得更加明显，矛盾更加突出，在某种程度上，使医院管理更僵化。比如说，我院规定收费员必须每日在下班前把当日所收票据进行结算并交账。病人来退费，如收费员尚没有进行结算，则直接作废此单据，同时退现金给病人。如果收费员已把此单据结算并交账，则由收费处主任先垫付现金给病人，再拿到财务科退现金，而不允许收费员作废已结算的单据，以免造成已结算的账目变动。但是现在出现了医保病人在收费员结账后要求退款这样的新问题。由于医保病人并不是直接交现金，而是从病人的医疗卡上划走须交现金的账目，在医保中心与医院的医保办每月结算，核对账目相符后才一次性拨付给医院。医院财务科以此为由，认为不能直接退现金给病人，要求从卡上退回划走的账目。医保中心提供的接口函数要求作废此单据后方可退回划走的账目，因此就必须变动收费员已结算的账目，这又与原来的规定冲突。这个问题牵涉到医院外的医保中心、医院内部的财务科和医保办。我们在与他们协商的时候，他们都强调各自制定的规定的理由和必要性，作为具体执行的收费处是无法违背这些上级管理部门的规定和要求的。但是他们的规定和要求如果都满足了，就无法满足病人的要求。
由于医疗制度的改革，医院和患者共同与第三方——医疗保险机构发生费用关系。为了保证HIS与医疗保险信息系统的数据一致性，我们必须将HIS的数据与医保信息系统的数据正确地关联起来。医院现在的药品核对是由医院的医保办负责的，而新药的品名录入是由药库负责，并由微机中心负责审核。一个新药从进入医院，到医疗保险信息系统可以报销，要经过如下过程：1.先由医院药库将品名规格录入到药品库中，并同时把院长签字的新药通知书交给微机中心；2.微机中心接到新药通知书，审核无误后确认此新药的品名入库；3.药品入出库，药房领用并发出此药品；4.医保办通过来办理出院病人的出院清单发现新药，进行核对并通知微机中心；5.微机中心根据医保办的通知，在此药品的品名上加注医保药品类别（甲类或乙类）；6.急诊部医保人员通过来办理出院病人的出院清单发现新药，进行核对并通知急诊部微机室；7.急诊部微机室根据医保人员的通知，在此药品的品名上加注医保药品类别（甲类或乙类）。此业务流程繁琐而且缺乏必要的沟通，已被各部门割裂成一个个独立的操作环节，每个部门关心的只是自己的单个任务，而不太考虑整个业务流程的连贯性和全局性，业务流程很容易因为种种原因而断裂，造成数据的不一致。我们完全可以在源头上改变这种工作流程，在药库录入时就标注医保药品类别，同时核对。我们不光要认识业务流程，更要按照现代管理制度来优化重组业务流程，打破部门间的条块分割，减少不必要的中间环节。以事前管理代替事后监督，减少不必要的审核、控制，按照新的业务流程的需要来重组工作流程，重新分工，重新划分职权，理顺医院管理体系。实施优化后业务流程的管理，会使医院的上下级之间、各部门之间的联系变得紧密，工作流程更加合理，从而在组织上、管理上进一步保障HIS系统的运行。
如今，HIS的建设已经成为医院的核心工程。为了不使HIS成为摆设，医院最高管理者要表现出决心，按照HIS的管理流程重新制定操作流程和规章制度来强制执行。HIS的正常运行也离不开必要的协调和监督，医院应该建立有决定权力的、超越部门的、中立的医院信息化协调机构，以解决医院的有关业务部门和管理部门之间的衔接工作，避免互相推诿和扯皮，使医院业务流程保持畅通。
医院管理应与HIS接轨